Как сообщает пресс-служба правительства Архангельской области, с 1994 года Ирина Шишкова трудилась на различных должностях в территориальных подразделениях налоговой инспекции в Архангельской области и НАО, а также в Мурманской области.

С 2014 года до назначения на пост руководителя контрольно-ревизионной инспекции Архангельской области возглавляла инспекцию Федеральной налоговой службы по Архангельску.